L’article 2 de la loi du 9 décembre 1905 interdit le subventionnement public des cultes, car l’attribution d’une subvention pourrait être interprétée comme la reconnaissance d’un culte officiel. Toutefois, pour se financer, les associations cultuelles « loi 1905 » sont autorisées à percevoir et détenir des ressources propres : cotisations de leurs fidèles déductibles des impôts, dons et legs, produits des quêtes et des collectes, biens cultuels, etc.
Par exception, les collectivités publiques peuvent accorder une aide aux associations cultuelles pour des travaux de réparation ou d'accessibilité des lieux de culte, qu'ils soient ou non classés monuments historiques. Elles peuvent aussi financer les dépenses d'entretien des édifices religieux dont elles sont restées ou devenues propriétaires après 1905.
De plus, les communes et les départements peuvent garantir les prêts contractés par les associations cultuelles pour construire des édifices du culte. Les communes peuvent aussi consentir des baux emphytéotiques (d'une durée de 18 à 99 ans) aux associations cultuelles moyennant un loyer symbolique.
La loi du 2 janvier 1907 permet par ailleurs à des associations de type « loi 1901 » d'exercer des activités cultuelles. Ces associations peuvent recevoir des cotisations, des dons d'argent et des apports mobiliers et immobiliers et faire appel à la générosité publique. Pour leurs activités non cultuelles, elles peuvent également obtenir des subventions publiques.
Depuis la loi du 24 août 2021 « confortant le respect des principes de la République », dite « loi séparatisme », il est imposé aux associations cultuelles « loi 1905 » ou « loi 1907 » de nouvelles contraintes de transparence comptable et financière. L'objectif de la loi est d'aboutir à ce que les religieux privilégiant la forme de l’association mixte demandent explicitement la création d’une association cultuelle, l’exercice du culte n’étant pas une activité neutre.
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